音声ファイルのフォーマットは FLV flash video と SWF flash file をサポートしています。フォーカス時に再生するのであれば FLV に、繰り返し流し続けるのであれば SWF に変換して下さい。
音声用のFLVを作成するには、例えばスピーカーのアイコンを入れて、音声を作成してください。
もしSWFフォーマットを選ぶのであれば、エディタ上で選択できるようにSWFファイルに何らかのグラフィックを含めるようにして下さい。そのグラフィックをプレゼン上に見せたくないのであれば、後で他の要素の後ろに隠したり、ビューの外へドラッグして出すことも可能です。
ジーナ・ウイルソン・バーンズによる、次のPrezi作成例を見て下さい。